Sông Madeira có mực nước sâu đến 15 m (50 ft) vào mùa mưa, và tàu thủy có thể vào đến gần thác San Antonio, gần Porto Velho, Brasil, 1.070 km (660 dặm) tính từ cửa sông; nhưng vào các tháng mùa khô, tức từ tháng 6 đến tháng 11, sông chỉ còn sâu 2 m (từ 5 đến 6 feet). Đường sắt Madeira-Mamoré chạy 365 km (227 dặm) vòng quanh khúc sông tàu bè có thể đi lại cho đến Guajará-Mirim tại sông Mamoré.

Hai con đập lớn đang được xây dựng và là một phần của dự án hội nhập khu vực IIRSA. Các kế hoạch xây dựng đập bao gồm cả các cửa cống tàu thủy lớn có và các tàu biển có thể đi lại giữa hạ nguồn và hồ chứa. Nếu dự án này hoàn thành, "trên 4.000 km đường thủy thượng du tính từ đập thuộc Brasil, Bolivia, và Peru có khả năng thông hàng."[4].